O cálculo do Custo Médio no ERPFlex é executado de forma tradicional: a cada nova entrada é feita a soma da Quantidade e do Valor da Compra ou da Produção ao Saldo Atual, resultando assim o novo custo médio. Esse valor nem é gravado. Ele é calculado a cada saída, seja no Faturamento seja nas Requisições, valorizando essas movimentações, pela divisão do Saldo em valor pelo saldo em quantidade. Caso não haja saldo (o que levará o estoque a um saldo negativo) ou ele estiver negativo, é utilizado, caso exista, o Custo Standard.
Caso o usuário não digite os movimentos na ordem correta, ou seja, primeiramente as entradas e depois as saídas, é claro que as valorizações das saídas ficarão incorretas. Isso pode ocorrer, por exemplo, quando se fatura um produto antes de produzi-lo.
Para corrigir esse problema existe essa opção de Recálculo, que refaz os cálculos, classificando os movimentos na sequência correta: primeiramente em ordem de data. A seguir em Compras, Requisições e Devoluções, Produções e por último as Vendas. Caso no mesmo dia um produto produzido é requisitado, a produção é tratada antes da requisição. Na tela inicial determina-se o período a ser recalculado.
Recalculando o custo médio 
- Em Miscelânea > Reprocessamento > Recálculo do Custo Médio.
- Clique em Recalcular.
- Ao final do processo, será exibida mensagem de sua conclusão.
- Clique em Sair para fechar a janela.