Acesse Cadastros > Ferramentas Sistema > Parâmetros > Vendas.
Clique na aba Incluir na Base de Cálculo.
Marque a caixa Subtrair o ICMS da Base de Cáclulo do PIS e COFINS.
Na tela do Faturamento, o valor do ICMS será retirado da base de cálculo do PIS e da Cofins.
ICMS do Diferencial de Alíquota para clientes não Contribuintes (Difal)
O parâmetro Subtrair o ICMS da base do PIS/Cofins (Parâmetros > Vendas > Incluir na Base de Cálculo) considera também o ICMS calculado para o estado destino nas operações interestaduais para clientes não contribuintes (Difal).